Fakultas Pertanian Universitas Muhammadiyah Purwokerto didirikan bersamaan dengan tiga Fakultas lain yaitu Fakultas Ekonomi, Perikanan dan Teknik sejak alih bentuk dari IKIP Muhammadiyah Purwokerto menjadi Universitas Muhammadiyah Purwokerto berdasarkan Surat Keputusan Mendikbud No. 345/DIKTI/1995. Pendirian Fakultas Pertanian Universitas Muhammadiyah Purwokerto terdiri dari 2 (dua) Program Studi yaitu Hortikultura dan Sosial Ekonomi Pertanian/ Agribisnis yang mempunyai fungsi dan dilandasi keinginan untuk:
- Mengembangkan Sumber Daya Manusia (SDM) yang beriman, bertaqwa, berkualitas, maju, produktif dan profesional.
- Mendukung terciptanya sistem pertanian yang tangguh.
- Mendukung agrobisnis dan agroindustri.
- Melakukan penemuan, pengembangan dan penerapan IPTEK.
- Memelihara kelestarian lingkungan hidup berkesinambungan.
Untuk mencapai keinginan tersebut, Fakultas Pertanian UMP melihat sektor pertanian sebagai sistem, sehingga kegiatan pendidikan tinggi didasarkan wawasan yang lebih utuh dan tidak sebagai sub sistem atau disiplin ilmu yang terpisah-pisah. Dengan demikian, pendidikan ilmu pertanian di UMP dilakukan melalui pendekatan yang mengintegrasikan antara kegiatan pengembangan ilmu dan pemecahan masalah serta berorientasi pada peserta didik (learner centered).
Pada perkembangan selanjutnya, Fakultas Pertanian UMP berubah menjadi Fakultas Pertanian dan Perikanan (FPP) UMP pada tahun 2020. Perubahan tersebut seiring dengan dibukanya program studi baru yaitu Program Studi Akuakultur. Status Program Studi pada FPP UMP yang telah terakreditasi oleh BAN-PT adalah sebagai berikut:
Program Studi Agribisnis telah terakreditasi oleh BAN-PT melalui Surat Keputusan BAN-PT No. 2828/SK/BAN-PT/AK-ISK/S/V/2021, berlaku mulai tanggal 11 Mei 2021 – 30 Desember 2025 dengan status “Baik Sekali”.
Program Studi Agroteknologi telah terakreditasi oleh BAN-PT melalui Surat Keputusan BAN-PT SK No. 11377/SK/BAN-PT/AK-ISK/S/X/2021 berlaku mulai tanggal 05 Oktober 2021 – 27 Desember 2022 dengan status “Baik Sekali”.
Program Studi Akuakultur mendapat ijin operasional dari Kemendikbud pada tahun 2020 melalui Surat Keputusan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No: 1016/M/2020, tanggal 17 November 2020 tentang Izin Pembukaan Program Studi Akuakultur Program Sarjana pada Universitas Muhammadiyah Purwokerto di Kabupaten Banyumas yang diselenggarakan oleh Persyarikatan Muhammadiyah. Program Studi Akuakultur menyelenggarakan kegiatan akademik mulai tahun 2021-2022. Status akreditasi Program Studi Akuakultur Belum Terakreditasi (dalam proses persiapan pengajuan akreditasi).